A Diretoria de Gestão Institucional tem como missão acompanhar, garantir e assessorar o funcionamento da gestão democrática nas escolas da Rede Pública Estadual, monitorando e fortalecendo o funcionamento dos núcleos da SEE nos municípios, através de suas coordenações.

É composta por Coordenações de Zoneamentos, Coordenador de Apoio aos Núcleos da SEE e Assessoria aos Municípios, Coordenação de Avaliação e Fortalecimento Institucional (CAFI), Divisão de Credenciamento e Registro Escolar (DICRE), com apoio do Comitê de Assessoramento à Gestão Escolar.

Suas principais atividades é garantir, através de parceria com as Secretarias Municipais de Educação, o processo de matrículas na rede pública de ensino, realizar o reordenamento da rede pública de ensino (capital e municipal) além de monitorar, assessorar e fortalecer o funcionamento dos núcleos da SEE nos municípios e de responsabilizar-se pelas relações institucionais e comunitárias da SEE.